酸奶在发酵过程中，一些大分子的营养素被分解成小分子，像部分蛋白质会被乳酸菌分解成氨基酸和多肽，更加容易被人体吸收，而且其中的乳糖约1/3也被分解，还生成了一些乳糖酶，因而乳糖不耐受的人可以安心地食用，适用人群更广。

酸奶中含有不少有益菌，在经过胃液和各种消化后，仍会有一部分活菌抵达肠道，虽然存活时间只有几小时至几天，但在此期间有助于恢复肠道正常菌群，坚持喝酸奶可以预防一些肠道疾病。

近年来，四川大学华西基础医学与法医学院邓振华教授团队在研究190多万人的数据后发现喝酸奶与总体患癌风险降低相关性非常显著，高达19%。研究指出，喝酸奶的人群食道癌（36%）、膀胱癌（21%）和结直肠癌（12%）降低最多。